

Por supuesto que es correcto escribir cualquiera de las dos expresiones en Español… (“Pero, ¿qué has hecho?” y “Pero ¿qué has hecho?”).
A ver, recordemos que el lenguaje es la expresión del pensamiento, así es que si tu expresión lleva una pausa después del asombro y rechazo que la acción de otro provocó en ti, es correcto que lo des a entender en tu escrito con una coma después de “pero”.
Bueno, si NO estás tratando de expresar pausa en ninguna parte de tu expresión entonces no deberías escribir una coma (,).
Sí, claro, la coma en el idioma español es para expresar pausa en cualquier parte de la expresión escrita.